广东城际铁路运营有限公司成立于2019年06月11日。

2019年9月6日上午，广东城际铁路运营有限公司（以下简称城际运营公司）在广州正式揭牌，标志着广州地铁探索“地铁+城际+”一体化运作迈出坚实一步。

广东城际铁路运营有限公司（下称“城际运营公司”）为广州地铁集团有限公司的全资子公司，将承接广清城际铁路等项目的运营工作。

城际运营公司于2019年6月11日完成注册，主营业务为城际铁路旅客运输。 

广州地铁集团与省铁投集团签订了《广东省城际铁路委托运输管理总体协议》，省铁投集团将广东省控股的广清城际铁路花都站至清城站段、广州东环城际铁路花都站至白云机场北站段、广肇城际铁路番禺站至佛山西站（不含）段及珠三角城际轨道交通调度指挥中心等项目，按计划分阶段委托广州地铁进行运输管理。广州地铁成立全资子公司广东城际铁路运营有限公司具体承接相关运输管理工作。

2020年11月30日，广清、广州东环城际开通运营。这是国内第一个真正由地方自主运营的城际铁路。 广清城际、广州东环城际由广东省铁路建设投资集团所属珠三角城际轨道交通有限公司负责建设，广州地铁集团全资子公司广东城际铁路运营有限公司全面运营管理。